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La posibilidad de cambiar características de PHP o de Apache según si la petición accede a un cierto directorio leyendo un cierto .htaccess o bien ejecuta un cierto script PHP que hace un ini_set() es, sin duda, útil en muchas ocasiones. El problema viene del mal uso de dichas características.
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Mediante las directivas php_admin_value y php_admin_flag de mod_php, podemos definir valores de PHP en la configuración de Apache, por ejemplo únicamente para un determinado VirtualHost sin que se puede sobrescribir.
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Por error se hizo público un bug de PHP (61910) que permite que se muestre el código fuente de las páginas PHP que se sirven con PHP-CGI, arrastrado desde un commit de 2004:

Mostrar código fuente de PHP - CVE-2012-1823
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Con los cambios de las versiones de PHP 5.3 y 5.4 puede resultar interesante mantener ciertas partes en una versión de PHP anterior y seguir otras con la última estable. Vamos a ver como instalar varios PHP en un mismo Apache.
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En el caso que tengamos extensiones de PHP que no este documentadas, podemos obtener un listado de todas sus funciones, constantes y variables.
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En un equipo podemos tener varios PHPs instalados por lo que podemos no tener claro dónde tenemos el php.ini correspondiente a ese PHP.
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